Šakių rajone veikia:
4 gimnazijos;
3 pagrindinės mokyklos;
1 mokykla-daugiafunkcis centras;
1 ikimokyklinio ugdymo mokykla;
Gelgaudiškio „Šaltinio“ ugdymo centras;
Švietimo pagalbos tarnyba.
Moksleivių sporto poreikius tenkina Jaunimo kūrybos ir sporto centras.
Turintys meninių polinkių mokiniai, gali mokytis Meno mokykloje.
2025 m. rugsėjo 1 d. mokyklose mokėsi 2601 mokinys. Priešmokyklinio ugdymo grupes lanko 201 priešmokyklinukas. Ikimokyklinio ugdymo grupes lanko 529 ikimokyklinukai.
Ugdymo įstaigose dirba apie 300 pedagogų. .
Rajone veikia Marijampolės profesinio rengimo centro K.udirkos Naumiesčio skyrius